Er ist Sonderbeauftragter für Gesundheit im österreichischen Bundesministerium für Soziales, Gesundheit, Pflege und Verbraucherschutz. Seine politische Karriere begann er Anfang der 1990er Jahre als Leiter der politischen Abteilung der österreichischen konservativen Partei. Nachdem er 2004 als Kabinettschef in das Gesundheitsministerium eingetreten war, wechselte er später in den öffentlichen Dienst. Clemens Martin hat einen akademischen Hintergrund in Philosophie und Politikwissenschaft und ist promoviert. Clemens Martin Auer wurde bei den Vorstandswahlen im Juni 2017 zum Präsidenten der EHFG gewählt.